利用機械、人手或其他，還有通過動物採食並消化的方式（如貓屎咖啡）。
後處理
咖啡從採收時的漿果到最後咖啡豆完全乾燥(含水量約為9~13%)的過程。 因各產區條件(水文、土壤、交通、人力資源、地形、氣候)不同，故各產區都擁有最合適的後處理方式，概略可分為日曬法、水洗法、蜜處理、半日曬、半水洗。
日曬法
主要為較貧窮(無設後處理廠條件)產區或是日曬充足之產區所使用。 漿果採收後直接曝曬在大太陽下，需整整兩周無雲的日曬條件。曬至含水量9%後直接脫去果皮、羊皮質並進倉保存。 然而比起水洗，日曬咖啡豆之豐富度更高，但是想達到和水洗咖啡豆相同水平卻必須付出更多的管理、人力、技術成本。
水洗法
水洗法需有後處理廠。採收後先脫去外果皮，之後泡水發酵，發酵時間約為48~72小時不等(依產區氣候)。發酵結束後直接日曬，曬至含水量9%直接進倉，出口前才經過脫殼機脫去羊皮質。
蜜處理
處理方法與傳統濕處理法是相同的,它將咖啡果實厚厚的果皮去除後,保留其下方的黏質狀的果肉層接下來它並不利用發酵來去除黏質果肉層,反之讓它帶著這一層直接曬乾,而後直接去除黏質層及外殼。
半日曬
車中的咖啡半日曬
半水洗
更能發揮咖啡豆的本質
烘焙
咖啡生豆透過烘焙，可以釋放出咖啡特殊的香味，每一顆咖啡豆蘊藏其香味、酸味、甘甜、苦味。
從生豆、淺焙、中焙到深焙，水分一次次釋放，重量減輕，體積卻慢慢膨脹鼓起，咖啡豆的顏色加深，芬芳的油質逐漸釋放出來，質地也變得爽脆。在生豆中，蘊涵大量的綠原酸，隨著烘焙的過程，綠原酸會逐漸消失，釋放出令人熟悉而愉悅的水果酸，如醋酸、檸檬酸和葡萄酒中所含的蘋果酸。
淺焙：當豆子迸發出第一聲輕響(一爆)，體積同時膨脹，顏色轉變為可口的肉桂色，gastro約為#70~#60。酸性主導了淺焙豆子的風味，適合花果調性的咖啡或是日曬豆。主要風味：檸檬、柑橘、百合花、香水月季、蘋果、藍莓、草莓。
中焙：咖啡豆呈現出優雅的褐色，gastro約為#60~50。中焙能保存咖啡豆的原味，又可適度釋放芳香，因此牙買加的藍山、哥倫比亞、巴西等單品咖啡，多選擇這種烘焙方法。主要風味：榛果、焦糖、杏桃、烤花生、烤吐司。
深焙：咖啡豆的顏色越深，風味也更甘甜香醇，缺點是會犧牲掉香酸以及不耐培的香氣。gastro約為#50~40。主要風味：樹木油脂、煙燻味、煙味、可可、丁香。苦盡回甘，餘味無窮，最適合醞釀強勁的義大利特濃咖啡Espresso style coffee，所以又稱為義式烘焙法
雙次烘焙 ：為改善單次烘焙時所產生的中心胚芽碳化，而新增的全新烘焙方法。
改善內容ㄧ：咖啡豆中心胚芽不再碳化。優點：多食焦碳食物對人體並無太大益處，咖啡因也因此而降低。缺點：烘焙時間增加，人力成本增加。
改善內容二：原傳統烘焙咖啡放涼後產生的酸度不見了，冷飲熱飲均改善甚多，咖啡粉末顏色少了焦碳後的黑褐色。
優點：入口更滑順、甘甜不澀、不酸、苦味驟降、亦增添了咖啡豆原有濃厚的果香原味，可讓咖啡粉末磨的更為細緻，更能發揮咖啡豆的本質。
缺點：咖啡第一次烘焙後產生大量氣室及氛芳物質，以雙次烘焙法烘焙咖啡，需先於第一次烘焙後冷卻咖啡，其後再進行第二次烘焙，此時芬芳物質會迅速消失，雖可獲得較平順的咖啡口感，但卻失去了許多咖啡的精華，為多數精品咖啡館所不採。
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